메가진화. 그것은 칼로스지방에 전해 내려오는 포켓몬의 새로운 진화 형태. 과연 메가진화란 모든 포켓몬에게 일어나는 것일까? 이 이야기는 한 청년 트레이너 알랭과 파트너 리자몽을 중심으로 전개된다. ‘메가진화를 해서 모든 메가진화 포켓몬을 쓰러뜨리고 최강의 자리에 오른다.’ 바로 그것이 알랭의 여행의 목적이었다. 여행을 하면서 그들은 메가앱솔, 메가한카리아스를 상대로 메가진화 배틀을 펼친다. 그리고 사천왕 즈미와의 시합. 즈미에게도 메가진화 포켓몬이...? 알랭이 메가진화를 고집하는 이유는 대체 무엇일까? 그리고 이 여행의 목적은 무엇일까?