Les Mini Ninjas sont sur la piste d’un « trésor » légué à Shun par ses parents. Après avoir résolu les énigmes qui le protégeait, Shun découvre enfin de quoi il s’agit : l’atelier secret de ses parents inventeurs et Ninja, tout comme lui ! Mais Ashida a vent de la découverte et il décide illico de s’emparer de toutes les inventions dont regorge l’atelier. En les trafiquant avec sa magie noire, il compte en faire des armes redoutables capables de pulvériser la nature à tout jamais !!