Действието в сериала се развива в митичния град Камелот, във време много преди зората на историята. Това е фантастичен свят от легендарни зверове и мистериозни хора, опасен свят, в който магията е забранена от безмилостния тиранин Утер Пендрагон, а Мерлин и Артур са още младежи. Младият магьосник Мерлин следва съдбата си на защитник на Камелот и на принц Артур и се сражава със свирепи убийци, магически чудовища и най-мощните магьосници, които кралството някога е виждало. Мерлин трябва да полага повече усилия отвсякога, за да скрие нарастващите си магически способности, защото крал Утер е засилил неимоверно битката си срещу магьосничеството. Негов най-близък съветник е Гай, кралският лекар.