Сергей Шустицкий родился 8 февраля 1958 года в Берлине. В 1965 году поступил в Хоровое училище при Ленинградской капелле имени М. И. Глинки. С 1969 год по 1973 год учился в московской Детской музыкальной школе имени И. О. Дунаевского в классе Т. Н. Родионовой (фортепиано и композиция). Окончил с отличием. В 1977 году окончил с отличием Музыкальное училище при Московской государственной консерватории. В 1982 году окончил Московскую консерваторию, ученик Е. К. Голубева, К. К. Баташова, Ю. Н. Холопова, Е. П. Макарова. В разные годы свободный слушатель театрального училища имени М. С. Щепкина, Школы-студии МХАТ, ВГИКа. В 1990—1991 стажировался в США, работал аранжировщиком для студий Paramount, 20th Century Fox.