Dr. Daniel Jackson sosește în Atlantida pentru a cerceta un laborator ascuns lăsat în urmă de către rebelul om de știință Antic, Janus. Descoperirea lor a atras atenția unui grup misterios de extratereștri, care se infiltrează în oraș. Între timp, "Todd" și o delegație ajung pe Daedalus pentru prezentarea terapiei genetice a Doctoriței Jennifer Keller.