나가테, 이자나, 쿠나토가 기저호로 관광을 떠난다. 쿠나토의 진짜 목적은 제4차 가우나 방어전 이후 처형된 과학자 오치아이가 남긴 연구 시설을 탐험하는 것이었다. 하지만 의도치 않게 최중요경비 격리시설에 접근한 탓에 세 사람은 경비원에 의해 잠들게 된다. 나가테가 깨어났을 때 기다리고 있던 것은 유레 박사와 고바야시 선장이었다. 나가테는 이곳에서 「에나」와 인간의 융합 개체가 만들어졌다는 것, 융합 개체의 몸체에서 인공 「카비」 제조에 성공했다는 것, 그리고 인공 「카비」를 이용한 신무기가 개발되고 있다는 것을 알게 된다. 이후 시도니아를 떠난 비무장주의자 선발대에게 새로운 가우나가 진로를 향한다. 나가테는 신무기를 장착한 「시라츠기」로 구출에 나서게 된다.