레벨리 회의와 오니가시마 습격의 여파, 그리고 루루시아 왕국의 말살은 세계 전역에 커다란 파장을 일으키며 전쟁으로 이어질 가능성을 낳는다. 밀짚모자 해적단은 로그 포즈를 따라 도착한 신비하고 미래적인 섬 ‘에그헤드’에서 천재 과학자 베가펑크를 만나게 된다. 하지만 베가펑크가 공백의 세기에 관한 연구를 하고 있다는 정보를 입수한 세계정부는 CP0 암살 부대를 보내 베가펑크를 제거하려 한다. 각 세력 간의 배신과 음모는 결국 해군의 에그헤드 섬 포위 작전으로 이어지고, 이는 전 세계를 뒤흔들 사건으로 발전하게 된다.