Questa stagione prosegue le vicende accadute nella precedente. In effetti La Grenouille fa visita al direttore Shepard per costituirsi poiché teme che alcuni suoi nemici possano volerlo morto ma la donna si rifiuta di aiutarlo, condannandolo di fatto a morte. Negli ultimi episodi della stagione il direttore perde la vita in uno scontro di armi da fuoco. In seguito Gibbs e Mike Franks uccidono i responsabili della sua morte e poi, con l'aiuto del direttore aggiunto Leon Vance insabbiano la vicenda. Vance viene nominato nuovo direttore nel NCIS e decide dunque di sciogliere la squadra del MCRT assegnando a Gibbs de i nuovi agenti.