Mahone chiama la moglie Pam e le chiede se per loro esiste ancora una possibilità; L'uomo è arrivato a Panama ed è deciso a chiudere la faccenda Scofield e poi dedicarsi alla famiglia. Michael, dopo aver letto il messaggio sul forum del goldfinch.net, si reca a Città di Panama nei pressi dell'albergo dove soggiorna T-Bag. Come aveva previsto l'uomo è guardato a vista da un paio di uomini e per confermare questa ipotesi si fa aiutare da un ragazzino del luogo. Subito dopo si incontra casualmente con Bellick e Sucre; Quest'ultimo gli riferisce che in realtà non ha mai lasciato dei messaggi sul forum e che devono assolutamente arrivare ai 5 milioni in possesso di T-Bag altrimenti l'ex-guardia del Fox River non gli dirà mai dove ha rinchiuso Maricruz. Michael accetta di aiutarlo. A Chicago nel frattempo si sta svolgendo il processo contro Sara, accusata di favoreggiamento. Kellerman, dopo aver lucidato le sue medaglie, il suo anello e le sue armi e aver indossato la sua uniforme, lascia una lettera alla sorella e si punta la pistola alla tempia premendo il grilletto. A Città di Panama prende inizio il piano di Michael: Bellick fa scattare l'allarme antincendio e T-Bag esce dall'albergo portando con sé lo zaino con i soldi. L'uomo si dirige presso un indirizzo scritto su un foglio che teneva in camera e viene seguito da due uomini che lo stavando pedinando. A loro si uniscono Michael, Sucre e Bellick e qualche metro più indietro Mahone. Il federale viene però immediatamente fermato da Lincoln ed i due iniziano una colluttazione. Una volta che T-Bag è entrato nell'abitazione designata, i due uomini si mettono di guardia alla porta; Bellick si avvicina ai due che, con l'aiuto di Sucre, vengono legati in un vicolo. Michael non è tranquillo di come si stanno sviluppando le cose, non capendo se i due uomini siano dell'FBI o della Compagnia. I tre vanno quindi alla ricerca di T-Bag nell'edificio; L'uomo si arrende ai suoi ex-compagni di fuga ma si rifiuta di consegnare loro personalmente i soldi. Quando Sucre va a prendere lo zaino in una stanza indicata dall'uomo, scopre il cadavere di una prostituta ingaggiata da T-Bag. Questi riesce quindi a scappare ma mentre sta per sopraggiungere la polizia ma, dopo aver ferito Bellick ad una gamba, viene investito da un'automobile. Mentre Michael e Sucre lo fermano, Bellick viene arrestato dalla polizia locale con l'accusa di omicidio. Michael quindi, deciso a portare T-Bag presso l'ambasciata americana, dice a Sucre di recuperare un'automobile. A Kristine Kellerman arriva una telefonata che riguarda il fratello: la donna si reca immediatamente nell'appartamento dell'uomo e Kellerman le confessa che ha tentato di suicidarsi ma che la pistola si è inceppata. I difensori di Sara suggeriscono alla ragazza di patteggiare e di scontare perciò 12 anni di reclusione in un carcere di massima sicurezza. La ragazza, inizialmente contraria, decide di accettare sperando di scontarne 9 per buona condatta; Proprio prima che la causa si chiuda viene nominato un teste a sorpresa che confermerà le dichiarazioni di Sara, ovvero Kellerman deciso a rimediare ai suoi errori. In macchina, Sucre viene colpito di sorpresa da T-Bag con un cacciavite. L'auto sbanda e Michael, dopo aver fatto chiamare a un automobilista di passaggio un'ambulanza, rincorre T-Bag che nel frattempo è fuggito con i soldi. Lo raggiunge presso una casa e qui lo affronta. Durante la colluttazione Michael riesce ad avere la meglio ed accoltella l'avversario disteso a terra; Pochi minuti dopo la polizia raggiunge il luogo dello scontro, trovando T-Bag con un pugnale conficcato nell'avambraccio sano. Tornato alla Christine Rose, Michael cerca di mettersi in contatto con gli ospedali della città per conoscere le condizioni di Sucre quando arriva una telefonata di Lincoln; L'uomo, che inizialmente aveva sopraffatto Mahone, è stato ammanettato dall'ormai ex agente dell'FBI che pretende di scambiare il suo ostaggio con la barca ed i 5 milioni di dollari, deciso anch'egli a scomparire per sempre.