Après avoir passé six mois à enseigner le cours de réserve, Chisa demande à Juzo une carte d'identité d'administrateur afin d'enquêter sur quelque chose connu sous le nom de projet Kamukura. Parvenant à reprendre son poste de professeur principal de la 77e classe, elle est soulagée de constater que Chiaki a réussi à garder tout le monde ensemble et est accueillie chaleureusement. Ailleurs, la fashionista Junko Enoshima retrouve sa soeur, la combattante Mukuro Ikusaba, alors qu'elles se préparent à s'inscrire à Hope's Peak dans le cadre de la 78e classe. Lorsque Ryota finit par s'effondrer avec une fièvre, l'Imposteur ultime cherche l'infirmière Mikan Tsumiki pour le soigner, lui expliquant comment il a pris l'identité de Ryota pour pouvoir rester à la maison et travailler sur un anime qui sauvera le monde. Alors que la nouvelle année scolaire commence et que la 78e classe commence sa vie à Hope's Peak, Hajime se lance dans le projet Kamukura.