Efter den sidste kamp, er Apollo anlagt mod sin vilje til hovedkvarteret for DEAVA, den organisation, der er ansvarlig for at konfrontere de Shadow Angels med Aquarion. Mens spekulerer på, om Apollo er faktisk reinkarnationen af Apollonius, er medlemmerne af DEAVA angrebet af Touma, en af de Shadow Angels, som også ønsker at bekræfte, om det er sandt.