Når Shadow Angels invadere efter 12 tusind år af slummer, er menneskeheden holdt fanget af frygt og ren og skær fremmed dominans. Elleve år efter den store katastrofe decimeret verden, de fleste af dem, der forlod i live er skraldemanden, beskidte og sultende i gaderne. Der er håb, men - Mekanisk Angel Aquarion! En sjælden race af pilot tager kontrollen, drevet af tre sjæle sammenflettede. Kendt som Elements, én blandt dem må stige, hvis menneskeheden skal overleve. Profeti bliver opfyldt, da verdens ende nærmer sig ... Gennem en hvirvlende sky af kærlighed, forræderi, tab og skæbne, det sidste håb for det nye århundrede ankommer og tager flyvning!